Mykonos posee un clima mediterraneo con una temperatura promedio anual de 17°C. La época de invierno suele ser suave con una temperatura promedio de 15°C, con presencia frecuente de lluvias. Por otro lado, la temporada de verano, siendo Julio el mes más caluroso con una temperatura de 25°C. El mejor momento para visitar la ciudad es en Mayo y Junio, cuando la temperatura es perfecta para poder recorrer la ciudad.